Transfer Seurat object to monocle3 object — seurat2monocle3 • scTEI

This function transfer Seurat object including PCA, tSNE, UMAP into monocole3 object.

seurat2monocle3(seurat_obj, seurat_assay, seurat_reduction = NULL)

Arguments

seurat_obj: Seurat object
seurat_assay: Seurat assay
seurat_reduction: Seurat reduction

Value

cell data set object

Author

Kristian K Ullrich

Examples


## get Seurat object
celegans<-readRDS(file=system.file("extdata",
    "celegans.embryo.SeuratData.rds", package="scTEI")
)

## re-order meta.data according to cell order
celegans<-orderMetaData(
    seurat_obj=celegans,
    seurat_data=Seurat::GetAssayData(celegans, assay="RNA", layer="data")
)

## convert into monocle3
celegans_cds<-seurat2monocle3(
    seurat_obj=celegans,
    seurat_assay="RNA",
    seurat_reduction=NULL
)
#> Warning: The `slot` argument of `GetAssayData()` is deprecated as of SeuratObject 5.0.0.
#> ℹ Please use the `layer` argument instead.
#> ℹ The deprecated feature was likely used in the Seurat package.
#>   Please report the issue at <https://github.com/satijalab/seurat/issues>.