Transfer Seurat object to monocle3 object

This function transfer Seurat object including PCA, tSNE, UMAP into monocole3 object.

seurat2monocle3(seurat_obj, seurat_assay, seurat_reduction = NULL)

Arguments

seurat_obj

Seurat object

seurat_assay

Seurat assay

seurat_reduction

Seurat reduction

Value

cell data set object

Author

Kristian K Ullrich

Examples

## get Seurat object
celegans<-readRDS(file=system.file("extdata",
    "celegans.embryo.SeuratData.rds", package="scTEI")
)

## re-order meta.data according to cell order
celegans<-orderMetaData(
    seurat_obj=celegans,
    seurat_data=Seurat::GetAssayData(celegans, assay="RNA", layer="data")
)

## convert into monocle3
celegans_cds<-seurat2monocle3(
    seurat_obj=celegans,
    seurat_assay="RNA",
    seurat_reduction=NULL
)